婴儿与母亲隔离，直至母亲接受抗结核治疗和痰液涂片抗酸杆菌染色转阴为止。然后婴儿可被送回家，接受异烟肼治疗，在8周和12周时接受结核菌素皮肤试验。
如果皮肤试验仍为阴性，应重新接种卡介苗。卡介苗接种不能保证不发生结核病，但可以提供重要的保护作用，防止严重的和广泛的结核病发生（如结核性脑膜炎）。
对这些婴儿应密切随访结核病的发生，尤其在生后第1年内（注意卡介苗接种对免疫抑制的患儿和那些怀疑有hiv感染的患儿是禁忌的。但在高危人群中，who建议无症状的hiv感染的新生儿在生后或短期治疗后接受卡介苗接种）。
有活动性结核病且皮肤试验阳性的母亲所生的新生儿，应通过全面检查才能排除结核病。如果婴儿不发病，应至少使用6个月异烟肼治疗。hiv感染的儿童至少应治疗12个月。
患活动性肺结核的新生儿 美国儿科学会推荐对先天性结核病治疗时使用异烟肼（每日10~15mg/kg口服），利福平（每日10~20mg/kg口服），吡嗪酰胺（每日20~40mg/kg口服）和链霉素（每日20~40mg/kg肌注），每日1次，共使用2个月；然后异烟肼和利福平再使用10个月。
或者在完成最初2个月治疗后，10个月的异烟肼和利福平治疗，可每周给药2次。根据耐药试验结果，可用卷曲霉素或卡那霉素代替链霉素。
当累及中枢神经系统时，开始的治疗中应包括皮质类固醇（强的松每日1mg/kg，共用6~8周，然后逐渐减量）。在所有脑膜炎症状消失后和2次间隔的腰穿（至少间隔1周）作脑脊液培养为阴性时才能停止治疗。然后每日1次或每周2次用异烟肼和利福平另外治疗10个月。
最近的资料表明，婴儿和儿童非先天性获得的结核病，且没有扩散至全身和没有累及中枢神经系统，骨骼或关节，可以用6~9个月疗程进行有效治疗。
如果从婴儿或母亲身上重新发现细菌，则必须作药敏试验。应通过对血液学，肝脏和耳部症状的监测来确定对治疗的反应和药物的毒性。通常不需要反复作实验室检查。
