起病可急可慢。早期症状常为肺炎症状，即乏力，厌食，咳痰，出汗和发热。可有严重的衰竭，体温可达39.4℃或更高。如感染局限或不严重，有时发热，厌食，乏力症状轻微。除非脓肿壁完好，否则痰常为脓性并可伴血丝。有时当脓肿穿透支气管，出现大量脓痰（伴臭味或不伴臭味）后数小时或数日，才疑有肺脓肿。痰可含有坏死的肺组织。腐败气味（强烈的恶臭味）是厌氧菌病因具诊断价值的特点。肺脓肿病人中30%~50%有腐臭痰，但由厌氧菌引起的脓肿中40%不表现为腐臭痰，所以无臭痰并不排除厌氧菌的诊断。如出现胸痛，常意味着累及胸膜。
物理体征包括表示局限性肺实变的小范围浊音及减弱的呼吸音（不是支气管呼吸音）。可闻及中，细湿啰音。如空洞大，可出现鼓音或空瓮性呼吸音。
适当抗生素治疗下，肺部化脓的症状一般消失，但并不表明治愈。如果脓肿成为慢性，亦可出现体重减轻，贫血和肥大性骨关节病。慢性期胸部物理检查可为阴性，但湿啰音和干啰音常有。
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