肝囊肿属于肝脏良性病变，传统治疗方法是采用手术切除或经皮无水酒精注射治疗。但对于较大肝囊肿如不留置导管，则注入酒精后有复发的可能性。对于不同肝囊肿治疗方法不同。
肝囊肿的发生被归因于异位胆管。1906年Moschcowitz在研究胎儿肝囊肿时，发现囊肿壁上有异位的胆管组织及长方形上皮细胞内衬。这类囊肿起源于肝内肝内迷走胆管或肝内胆管和淋巴管的发育障碍，导致管腔内容物停滞潴留而成。近年来有人提出后天肝组织退行性改变的说法。
肝囊肿在治疗过程中要注意以下几点：
1、一般肝囊肿无影响
肝囊肿大多是先天性的，肝囊肿有的单独一个，也有多个的，肝囊肿有的还合并肾囊肿，一般说来肝囊肿对人体健康没有多大影响，对于肝囊肿的治疗病员不必紧张。
2、小囊肿多不代表病情严重
多个的小肝囊肿，在B超或CT检查时有时发现得肝囊肿多，有时发现得肝囊肿少，那是因为肝囊肿检查设备的局限性或肝囊肿检查者的仔细程度不一样，不足为奇。肝囊肿少了一个不意味着好，多了一个也不意味着坏。
3、肝囊肿太大须及时治疗
过大的肝囊肿，对肝脏本身或周围的器官有压迫症状的或有炎症的肝囊肿的治疗可以用针吸出其中的液体，但在肝囊肿的治疗以后可能再长，也可以通过做手术肝囊肿的治疗方法将囊肿打开以减轻压力。如有炎症的肝囊肿可以不予进行肝囊肿的治疗也没有药物可以治疗——因为本不需要肝囊肿的治疗。
4、其它注意事项
B超或CT诊断肝囊肿十分可靠，一般不必做更多的检查。出现了肝囊肿可以工作，可以运动，在生活上没什么要特别注意的地方。再者，肝囊肿不会癌变，可以放心。
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