有效治疗的目标是：①抑制病毒复制和清除病毒；②减轻症状；③减轻炎症，改善肝功能；④预防进展为肝硬化和肝细胞癌；⑤提高病人的生存率。目前有很多治疗慢性乙型肝炎的方法，包括抗病毒药、免疫调节、细胞因子、抗纤维化、反义寡核苷酸、核酶等。治疗有效的定义为，用非pcr技术检测，hbvdna从血中持久清除，hbeag阴转、出现抗hbe，alt值降至正常。当感染由复制期转为整合期时，通常的结局是缓解而非治愈。在美国，干扰素和拉米夫定是目前唯一批准用于治疗乙肝的药物。
干扰素最近一项15个研究的荟萃分析，评价了干扰素的疗效。与未治疗的对照组相比，hbsag阴转率高6%，hbeag阴转率高21%。hbvdna阴转率为20%(检测阈为1.5～30.0pg/ml或50～100万拷贝/ml)。如用pcr检测，则hbvdna阴转率将降低。干扰素每日5mu或10mu每周3次或隔日1次是较好的治疗方案。治疗有效的预测因子是治疗前病毒负荷量低(hbvdna80%。
如延长拉米夫定治疗时间(>6个月)，有15%～30%的病人hbvymdd位点出现突变，这导致拉米夫定疗效下降。对拉米夫定有效的最好预测因子是基线alt水平高于正常值上限两倍，而alt正常患者的疗效并不比对照组好。hbvdna水平不是hbeag阴转的预测因子，治疗20周内病人hbvdna降至1万拷贝/ml以下者，有效的可能性较大。
最佳剂量为100mg/日，尽管较大剂量(300mg/日)可使hbvdna下降更快，但是治疗3～6个月后，hbvdna清除率和hbeag阴转率相似。一项亚洲的研究显示，延长拉米夫定的疗程至3年，可使hbeag阴转率升至65%。
联合治疗在近期的一些研究中，干扰素(10mu)每周3次，共16周，加拉米夫定每日100mg，24周，有效率达29%；与之相比，单用一种药的有效率为18%～19%，但差异无统计学显著性。
反义寡脱氧核苷酸和核酶反义寡脱氧核苷酸通过在hbvdna的正反义两链之间形成杂交，而阻断基因的表达。在最近一项研究中，反义寡脱氧核苷酸使pekin鸭dhbv的复制与基因表达受到长期抑制。核酶代表抑制病毒复制的另一种分子机制，它们是反义寡脱氧核苷酸催化剂，后者能在特定位点切割rna。
免疫调节急性hbv感染的临床转归依赖于宿主抗病毒反应的质量和强度，确切地说，感染肝细胞内的hbv可能是被细胞毒性t淋巴细胞(ctl)清除的，其可能机制为：①抗原活化ctl直接杀死hbv，并导致感染肝细胞破坏；②ctl分泌细胞因子(ifn-γ和tnf-α)通过非细胞溶解方式清除hbv导致病毒破坏(不破坏肝细胞)，通过抑制病毒复制和基因表达清除大量肝细胞内的hbv。耐受是病毒特异性的而非普遍的免疫抑制。许多实验研究提示cd8+、mhcⅰ型ctl能从感染的细胞中清除病毒。因此，可用t细胞hbeag抗原决定簇疫苗治疗慢性hbv感染者。
胸腺素α-1可增加内源性ifn-α和γ水平，同时也增高il-2，它还可增加il-2受体的表达，增强cd3、cd4、cd8和nk细胞的增殖与活性。在感染hbv的鸭肝细胞，胸腺素α-1似乎可减少病毒的复制，特别在病毒蛋白表达水平。其安全性很好，但需皮下注射。综合4项研究结果表明，183例患者治疗6个月(1.6mg每周2次)后36%的病人hbeag和hbvdna转阴，alt降至正常。相比之下，111例未治疗对照组病人仅19%的病人有效。
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