干扰素治疗阶段最常见发热、肌肉痛、疲乏等感冒症状。可在注射α-干扰素后2－4小时给扑热息痛片等解热镇痛剂对症处理，或将注射α-干扰素时间安排在晚上。有些病人注射后出现外周血白细胞和血小板一过性降低，停药后可自行恢复，出现白细胞和血小板持续下降的情况，应注意严密观察血象的变化，并及时对症治疗，当白细胞＜2500／mm3，中性粒细胞数＜1000/ mm3，血小板计数＜3万／mm3时，需停药严密观察，酌情对症治疗，同时注意是否有出血倾向。血象恢复后可重新恢复治疗。
应用干扰素需注意以下情况慎用或禁用：①出现血清胆红素升高；②失代偿性肝硬化;③自身免疫性疾病患者；④有重要脏器病变者（严重心、肾疾患及神经系统疾患等）；使用时应注意临床观察和监测血生化、甲状腺功能、心电图等。
其他副作用还有如寒战、食欲减退、恶心、头痛，偶见有呕吐、腹泻、味觉改变、嗜睡、低血压、头晕、多汗。常见实验室检查alt、ast升高。特殊不良反应可见突发性听力丧失，可诱发ⅰ型糖尿病、酮症、心肌病，还可导致甲亢、高甘油三脂血症。国外报道应用干扰素期间禁用小柴胡汤，因可发生药物特殊性间质性肺炎，还可出现不同程度情绪或情感异常。
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