慢乙肝的发病机制复杂，目前仍未完全阐明。乙肝病毒的持续存在和不断复制是导致病情进行性发展的关键原因。因此，抗乙肝病毒治疗是慢乙肝治疗的重要方面。抗病毒治疗要达到的根本目的就是清除或永久抑制乙肝病毒的复制、从而减轻或终止肝脏炎症、坏死和纤维化。
抗乙肝病毒治疗的常用有效药物包括干扰素、核苷类似物及其它（如中药苦参的提取物等）抗病毒药物。
干扰素是一种多功能糖蛋白，具有抗病毒、抗肿瘤和免疫调节等作用。人体内的干扰素由于氨基酸组成的不同，可分为α、β、γ三种，分别由白细胞、成纤维细胞和免疫淋巴细胞产生。α干扰素是目前国内外公认有效的抗乙型肝炎病毒药物。α干扰素有20多个亚型，α1、α2、α3等；每一亚型又因个别氨基酸不同，可分为α1a、α1b、α2a、α2b等。目前用于乙肝治疗的α干扰素主要是基因工程技术产生的，单一亚型的α干扰素。常用的有α1b、α2a、α2b。
α干扰素抗乙肝病毒机制包括调节机体免疫功能和产生抗病毒蛋白等。α干扰素与细胞膜上的干扰素受体结合，经细胞内信号系统传递信息、活化抗病毒蛋白基因，产生抗病毒蛋白。抗病毒蛋白可阻止病毒核酸复制、蛋白合成，从而达到抗病毒的目的。免疫调节功能是指α干扰素增强免疫杀伤细胞的活性、提高细胞免疫功能等作用。
α干扰素抗乙肝病毒治疗的有效率约为50％－60％，α2b干扰素的疗效稍好，但并非所有的乙肝病毒感染者均可应用α干扰素治疗。有乙肝病毒的复制（即hbeag和hbv－dna阳性）和alt升高（80－400iu／l）的慢性乙肝患者，应立即开始治疗。对有乙肝病毒复制的代偿性肝硬化患者，用α干扰素进行抗病毒治疗时，必须在专科医师的指导下，从小剂量开始、观察病情变化、逐渐加量。不应给予重型肝炎或失代偿性肝硬化患者α干扰素治疗，因其可引起肝功能衰竭和严重的继发感染。对慢性乙肝病毒携带者不宜用α干扰素治疗，因为患者体内对乙肝病毒处于免疫耐受状态，α干扰素治疗效果很差。
α干扰素均为注射针剂。患者应用后最常见的不良反应为感冒样不适：发热、头痛、全身不适和关节酸痛；常发生于注射后头3－5次。其次为白细胞和血小板减少。其他包括消化道反应（如食欲不振、恶心、呕吐、腹痛、腹泻等）、精神神经症状（如抑郁、紧张、易激惹、烦燥、失眠等）、脱发、皮肤瘙痒、皮疹等。这些不良反应一般在停药后即可消失，早期发现是关键。国内现有的α干扰素均为短效干扰素。剂量为3mu~5mu，隔1天注射一次或一周注射三次，6个月为一个疗程。
在美国和欧盟国家，长效干扰素已于2000年用于抗乙肝病毒治疗。长效干扰素（peg－ifnα，聚乙二醇α干扰素）是α干扰素与大分子物质聚乙二醇结合，从而延长α干扰素的半衰期、使血清中α干扰素有效浓度维持时间延长、延缓α干扰素从肾脏的排泄和降解。同时，由于聚乙二醇的联结和包裹，不易产生干扰素抗体。所以，疗效较一般α干扰素好，而且每周只需注射1次，使用方便。
抗乙肝病毒药物的核苷类似物有：拉米夫丁、膦甲酸钠、单磷酸阿糖腺苷等。核苷类似物的发展很快。其他药物还有：苦参素、苦参碱等。
我国的慢乙肝患者人数众多，尚无抗乙肝病毒的特效药物，患者常需数个疗程的治疗，而目前的抗乙肝病毒药物均为自费药物。因此，患者应根据自己的病情和经济状况，在专科医师的指导下，选择合适的治疗时机和治疗药物，进行规则治疗，在节省药费的同时以期取得良好疗效。
