乙肝病毒感染一般可分为一过性感染和慢性持续性感染。
如果是较大儿童(7岁以上)或成年人感染了乙肝病毒，不管是无症状但能产生特异免疫应答的隐性感染，还是有症状的显性感染(表现急性肝炎)，其中绝大部分感染为一过性感染，他们体内的乙肝病毒最终将被彻底清除，只有极少数感染者成为慢性乙肝病人或慢性乙肝病毒携带者。由于急性感染多呈自限性经过，所以其治疗并不复杂。急性肝炎的治疗包括合理的休息、适当的营养和必要的药物，以休息和营养为主，用药种类不宜太多，以免加重肝脏负担，一般也不用干扰素等抗病毒药物。至于隐性感染，多数难以发现，往往在不知不觉之中病毒已经消除了，并且获得了特异性免疫力。不管隐性感染还是显性感染，机体在清除病毒过程中产生的特异性免疫力都对机体有保护作用，能够抵御乙肝病毒对机体的再次侵袭。
研究发现，感染年龄越小，形成持续感染、成为慢性乙肝病毒携带者或慢性乙肝病人的几率越大。如果是围产期(妊娠满28周至产后1周)通过母婴垂直传播造成的感染，又未采取任何阻断措施，则将会导致大部分婴儿在将来成为慢性乙肝病毒携带者或慢性乙肝病人。不管是慢性乙肝病毒携带者还是慢性乙肝病人，体内病毒自然阴转的可能性都很小，即使再加上药物、免疫压力等因素的作用，其e抗原阴转的几率也不过在10—30%之间(有些报道略高些)，表面抗原阴转的可能性更小。低于10%，核心抗体几乎不阴转。即使出现了e抗原阴转，还要区分是自然阴转还是变异阴转(这种区分非常困难)，因为e抗原的变异阴转并非好事，这种变异可使乙肝病毒逃避免疫监视，从而影响肝炎的预后。当然，自然阴转比较理想，可使宿主传染性降低或消失，病情趋于稳定。但总的说来，慢性持续性感染、主要是慢性乙型肝炎的治疗是迄今未解决的难题，过去有一些报道可能要比实际疗效高许多。正如一位肝病专家所言，如果把这些年来人们声称已经治好的肝炎病人人数加起来，可能早已超过了我国肝炎病人的总数。至于慢性乙肝病毒携带者，不论采用什么方法，其清除率更低。面对这种情况，在治疗乙肝病毒持续性感染时，应从抗病毒、机体免疫调节等多方面采取措施。在这些措施中，关键是抗病毒治疗。目前抗病毒治疗的有效药物是干扰素、核苷类似物(如拉米夫丁)，至今还没有其它药物的疗效能与之相比。但当前抗病毒治疗的终点并非彻底清除病毒、使乙肝病毒的各项血清标志物转阴。而是持续抑制病毒复制，使肝脏炎症缓解，阻止肝纤维化进程，并使宿主传染性降低。因此即使是疗效较好、价格昂贵的干扰素，也达不到使大部分感染者完全清除病毒的目的。目前国内外关于乙肝的疗效标准，均无乙肝病毒阴转这一项。由此可知，对于乙肝病毒的慢性持续性感染而言，病毒的彻底清除殊非易事，所谓“根治”也就无从谈起。
综上所述，由于乙肝病毒感染的类型不同，其预后也不同。对乙型肝炎我们提倡科学的规范化治疗。目前医学界已经积累了丰富的治疗经验，一般都能达到较理想的疗效。但我们也必须正视治疗中的困难，对于医生来说，不可不分具体情况轻言“根治”。而乙肝患者也不要轻信“根治”的神话。
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