根治舌下腺囊肿的方法是切除舌下腺，残余囊壁不致造成复发。舌下腺切除术是在下颌下腺导管开口外侧，沿舌下腺腺体长轴做口内切口，游离颌下腺导管，或通过导管内插入钝探针来解剖颌下腺导管，腺体包膜下分离舌下腺，充分止血。
在腺体后缘，舌神经跨越颌下腺导管，注意游离并保护。舌下腺从前向后游离，最后切断腺体后缘时要注意保护舌神经。
口外的舌下腺囊肿，在切除舌下腺后，需要将囊腔内的囊液吸净，在下颌下区加压包扎，不必在颌下区做切口切除囊肿。
全身情况不能耐受手术的患者及婴儿，可以做简单的袋形缝合术，切除覆盖囊肿的部分黏膜及囊壁，放净液体，填入碘仿纱条。待全身情况改善或婴儿4-5岁后再行舌下腺切除术。有学者认为袋形手术后填塞碘条2周以上，也能达到很好的治疗效果，但已有一些大样本的研究比较了舌下腺切除术和袋形术的治疗效果，结果舌下腺切除术为100%治愈，而开窗术的治愈率为43%～63%。故目前舌下腺切除仍是该疾病的首选治疗方法。
对于不愿手术者，可有两种非手术治疗的方法。可将囊液抽出后，再注入碘八、口腔黏膜与颌面疾病的防治与保健。
酊，使之纤维化，也可用粗线或不锈钢丝穿过黏膜及囊壁做小环并固定，以达到引流及减轻症状。但此类方法复发率高，局部刺激形成的瘢痕不利于再次手术切除腺体。通常在没有手术条件时使用，以暂时缓解症状。
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