感冒的病因主要是病毒。人类的感冒及上呼吸道感染，90%以上是由各类呼吸道病毒引起的，由细菌引起的只是极少数。病毒是一类比细菌小得多，一般需要电子显微镜才能看见的微生物。它们的生长特点是细胞内寄生，即侵入人的细胞后，躲在细胞内生长繁殖。目前使用的各种抗生素几乎都很难进入细胞内，对病毒是完全没有作用的。也有人说，感冒发热，用了抗生素热就退了，难道这不是抗生素的作用？其实感冒发热，主要是因为病毒侵入了血液从而刺激人体的免疫系统而发生的反应。发热，也正是人的防卫机能与入侵病毒进行“战争”的时候，从这个意义上讲，发热是好事而非坏事。包括发热在内的免疫反应受到极为复杂和各种因素的调节，一般要持续3─7天，多数为4天左右。用或不用抗生素，均不能影响这一过程。随着医学科学和制药工业的发展，现在已经有了一些能进入细胞内抑制病毒繁殖或杀灭病毒的药物，如金刚烷按、病毒唑、干扰素等，这些常能缩短感冒的病程。
病毒性感冒之所以不能滥用抗生素，还因为它会引起菌群失调和细菌耐药。我们知道，在人体内存在着相当多的细菌，主要存在于人的皮肤、呼吸道、肠道、泌尿生殖道等与外界相通的腔道中。这些有益的菌群对人体起着极其重要的保护作用。外来的致病菌进入人体时，如果量不是很大，就无法与人体原有的大量细菌竟争生存，当我们使用抗生素时，人体的正常菌群就会被部分地杀死或抑制，从而使人体失去防护能力，真正的致病菌就会“乘虚而入”，引起机体感染。如白色念珠菌感染、某些革兰氏阴性菌引起的肠炎等。这类感染也被称为“医源性感染”，因为正是服用了抗生素而引起的正常菌群失调。
滥用抗生素更严重的后果是导致细菌的耐药性。如果一感冒就用抗生素，在抗生素的“攻击”下，机体容易产生耐药性，用的抗生素越多，产生的耐药性就越强。美国著名微生物学家菜恩博士曾大声疾呼：“再滥用抗生素的话，人类进入二十一世纪将无药可用于治疗细菌感染”。
目前，虽然治感冒的药物种类很多，但对病毒性感冒都没有特效。因此，有经验的医生不主张用药，而要求患者多休息、保暖、多喝水。如发热体温较高，可用少量退热药物。当然，对于确诊的细菌性感染，包括上呼吸道感染，抗生素治疗仍是必不可少的。这需要医生的临床及实验室诊断、分析，切不可擅自服用抗生素。
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