在普通蓝痣中，表皮中下部黑色素细胞较多，聚集成束，黑色素细胞长菱形，胞浆内充满黑素颗粒。噬黑素细胞分布在黑素细胞附近，无树枝状突，含有粗大的色素颗粒。长的树枝状黑色素细胞多数是普通蓝痣的特征。
细胞型蓝痣黑素细胞呈树枝状，和较大菱形黑素细胞聚集成束，不规则交织，聚集成细胞岛，可深达皮下组织，间有噬黑素细胞。蓝痣细胞主要在真皮中下部，偶或皮下组织内，多分布于皮肤附属器、神经和血管的周围。
电镜观察：黑色素细胞主要位于真皮的深部，细胞成片分布，细胞突出不太明显，胞质中含有大量黑素小体，黑素小体着色深浅不太一致，主要为第ⅲ期和第ⅳ期球形或椭圆形小体，也有少数大的含黑素球形体，细胞器相对较多。
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