很多女性偏头痛患者月经期头痛发作，大约65%的女性偏头痛患者，其头痛发作可与月经周期有关。这些患者的头痛多发生在月经前或月经期。但部分女性偏头痛患者头痛发作只在月经期发生，其他时间不出现头痛，这种严格的与月经有关的头痛称之为月经性偏头痛。月经性偏头痛占女性偏头痛患者的14%，尚有极少数患者在月经初潮偏头痛发作，是液体潴留有关综合征的一部分。绝经期后头痛发作频度和方式无规律性变化。
经期偏头痛的发生机制主要有以下几个方面：
与性激素失衡有关，研究发现经期偏头痛发作期，血液雌二醇明显下降，在间歇期又恢复到正常范围;
与血清胰高血糖素有关，研究证明将前列腺素e注入健康人可引起头痛，由于低浓度的前列腺素e是一种血管收缩剂，高浓度是血管扩张剂，由血清胰高血糖素作用于血管，引起血管收缩或扩张，从而激发偏头痛发作。
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