(1)肝内钙化灶及肝组织局部坏死后的纤维化瘢痕。随b超检查技术在各级医院的普及和开展，不少健康人群查体时发现肝内有类似结石的强回声团及声影，不少人误认为患了肝内胆管结石。其实肝内的钙化灶和肝组织局部坏死的纤维化瘢痕可呈现与结石相似的强回声团及声影，但一般不引起肝胆管扩张。而结石在阻塞部位以上的小胆管有扩张，而且结石的强回声团具有沿左右肝管走向分布的特点。
(2)病毒性肝炎。该病可表现右上腹胀痛不适、黄疸，故易误认为胆石症。但血液检查可发现谷丙转氨酶明显升高，b超检查肝内外胆管无扩张，胆管内无结石性强回声，故鉴别并无困难。
(3)肝脓肿。本病有类似肝胆管结石的上腹部疼痛、发热等症状。但b超检查即可明确诊断。
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