病毒性心肌炎80％能痊愈，5％～20％可遗留心脏扩大及心电图异常而致慢性心肌炎或后遗症，<5％患者因急性心衰、严重心律失常或心源性休克而死亡。
病毒性心肌炎的病理改变及临床表现差异很大，因此其转归和预后也很不一致。病毒性心肌炎预后大致可分为以下几类。
(1)重型或暴发型病毒性心肌炎：患者起病急，病势凶险。往往1个月内会出现充血性心力衰竭、心源性休克、持续恶性室性心律失常发作、阿一斯综合征、急性心包炎或急性肾功能衰竭等表现，也可引起猝死或因抢救无效死亡，死亡率报道为5％～20％，婴幼儿中有时可高达50％。
(2)轻、中型病毒性心肌炎：这类患者预后较好，虽然急性期可有明显的临床表现，但经治疗后一般能较快恢复，有的甚至未经特殊治疗也能恢复。少数患者恢复后可能仍遗留有部分心电图异常，但随着时间推移可逐渐减轻或消失，即使长时间遗留期前收缩也并不影响生活与工作。少数亚临床型患者，经一段无症状期或病情反复，可能发展为“扩张型心肌病”。
(3)慢性心肌炎或心肌炎后扩张型心肌病：指急性或隐匿起病后病情继续发展，出现心脏逐渐扩大或室壁瘤形成，心功能进行性恶化，或症状反复发作，最终导致扩张型心肌病表现者。病毒性心肌炎有很长的平台期，约10％～20％的患者可以发展为慢性心肌炎，其中一小部分患者最后发展为扩张型心肌病。一旦进展为扩张型心肌病，一半的患者在确诊2年后死亡，最有效的治疗方法是心脏移植。
(4)儿童病毒性心肌炎：大多数患儿经适当治疗后均可在较短时问内恢复正常，病死率不高。病死者多为年龄小的新生儿或婴幼儿，死因多为严重并发症。约30％～40％的人可遗留各种心律失常，窦性心动过缓、电轴偏移或i度房室传导阻滞可长期存在。
儿童急性心肌炎转为迁延性或慢性可能与以下因素有关：①急性期休息不充分；②治疗不适当；③反复的病毒感染；④急性期病情较重，伴有心脏扩大和心功能不全，恢复期又未注意休息和长期监测；⑤年龄因素：年龄愈小预后愈差。
