由于卵巢巧克力囊肿破裂流至盆腔内的是陈旧积血，并非大量新鲜出血，除腹痛外，通常不会影响生命体征，不会出现休克。有人认为，既然不会危及生命，能否采取不手术的保守治疗，使患者免受手术之苦。其实不然，保守治疗后，囊壁破口愈合了，症状消失了，但不久又有可能发生自发破裂。如此反复发作、受苦，且发作次数越多，引起的盆腔粘连越重，盆腔粘连引起的腹痛等症状，更会使它“雪上加霜”，苦不堪言。
因此确诊为卵巢巧克力囊肿，直径达到或超过3厘米者，应接受手术，清除“炸弹”爆炸的危险。此时手术多采取巧克力囊肿剥除术，从而最大限度地保留了正常的卵巢组织，传统剖腹手术或腹腔镜手术都能达到治疗目的。术后还需要服用药物巩固疗效，这对防止卵巢巧克力囊肿的复发有着重要意义。
卵巢巧克力囊肿的病因尚未清楚，但与以人工流产为主的宫腔手术有着密切关系。因此，落实避孕措施，杜绝人工流产，有助于预防卵巢巧克力囊肿的发生。
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