正常育龄妇女在内分泌激素的作用下,阴道上皮细胞增生,其表层细胞含有丰富的糖原非常有利于兼氧乳酸杆菌的生长,这种细菌占阴道的90%以上.这种乳酸杆菌大量存在就抑制了其他致病菌的生长.在阴道形成了一个正常的生态平衡.
当人体雌激素水平下降导致阴道上皮萎缩,细胞糖原减少,不利于乳酸杆菌生长大量使用抗生素或用碱性液体过度冲洗阴道,抑制乳酸杆菌的生长.性乱性交频繁（因精液ph为7.2-7.8）等导致致病性厌氧菌和加特纳菌大量繁殖,引起阴道微生物生态平衡失调.兼氧性乳酸杆菌减少最终导致细菌性阴道病.
由于厌氧菌产生的脱羧酶可激发加特纳菌产生某种氨基酸,产生挥发性胺类,释放出难闻的鱼腥臭味胺类使ph值升高,又抑制乳酸杆菌繁殖,粘附有细菌的阴道表皮细胞脱落使阴道分泌物增加,从而导致本病.由于菌群紊乱阴道炎症并不明显,分泌物中白细胞减少,因此称细菌性阴道病比阴道炎更恰当.
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