肛裂的治疗方法较多，如为早期病变，应积极治疗便秘，保持大便通畅，保护溃疡创面，防止感染，多可治愈。陈旧性肛裂往往需要手术治疗。
内治：
血热肠燥证：大便秘结，2－3日一行，质干硬，肛门疼痛，便时手纸染血或滴血，裂口色红，伴腹部胀满，小便黄，舌质偏红，舌苔黄燥，脉弦数；治疗以清热凉血、润肠通便为主，方药选用增液承气汤加减：玄参、麦冬、生地、地榆、槐角、蒲黄炭、金银花、连翘、延胡索、麻仁、全瓜蒌等。
阴虚津亏证：大便干燥，数日一行，便时呈周期性肛门疼痛，点滴下血，裂口深红，创缘不整，伴口干咽燥，五心烦热，舌质红，舌苔少或黄腻，脉数；治疗以养阴清热、润肠通便为主，方药选用一贯煎或润肠汤加减：生地、沙参、枸杞子、竹叶、当归、火麻仁、桃仁、麦冬、远志、全瓜蒌等。
气滞血瘀证：肛门刺痛明显，便时便后尤甚，肛门紧缩，裂口色紫暗，舌质紫黯，舌苔黄，脉弦或涩；治疗以理气活血、化瘀通络为主，方药选用六磨汤加减：槟榔、沉香、木香、乌药、大黄、枳壳、蒲公英、红花、桃仁、赤芍、芒硝等。
外治：
熏洗：适用于各期肛裂，具有活血化瘀，消肿止痛的作用，常用，苦参汤（苦参60克、蛇床子30克、白芷15克、金银花30克、菊花60克、黄柏15克、地肤子15克、菖蒲9克）、祛毒汤（苦参、苍术、黄芩、马齿苋、丹参、黄芪、白花蛇舌草各30克、红花15克）、花椒100克、1∶5000高锰酸钾溶液等，先熏后洗，即可保持局部清洁卫生，又能促进血液循环，减少刺激，加速愈合。
敷药：适用于各期肛裂，具有清热解毒，止痛止血的作用，常用的有生肌玉红膏、黄连膏、九华膏等，每日1－2次。
塞药：适用于各期肛裂，具有清热解毒，消肿止痛止血的作用，常用的有痔疮栓等。
腐蚀：适用于反复发作的陈旧性肛裂，具有活血祛瘀，脱腐生肌的作用，常用的药物有八二丹、七三丹、红升丹、枯痔散等，或用5%石炭酸甘油涂擦患处后，再用75%酒精擦去。主要的用法：在陈旧的裂口上外涂丹药少许，每日1－2次，待创面新鲜后可改用生肌散，使得创面愈合。
其他还有手术疗法（扩肛法、括约肌侧切法、切开疗法、纵切横缝法）、封闭疗法等。
