引起肛门直肠周围脓肿的病因较多，主要原因有以下几个方面：
（1） 感染性因素：现代医学认为，感染是引起本病的主要原因。
① 因肛裂、痔、肛窦炎、肛门周围皮肤毛囊汗腺炎及肛门周围皮肤病等感染，可形成肛门直肠周围脓肿。
② 还有某些疾病如白血病、糖尿病、结核病、溃疡性大肠炎、再生障碍性贫血、全身营养不良等，使身体虚弱，抵抗力减低，而诱发肛门周围脓肿。
（2） 医源性因素：临床上属医源性引起的肛门直肠周围脓肿也不少见。
① 内痔插枯痔丁或注射疗法，因操作不当或药剂不洁感染形成粘膜下脓肿。
② 直肠周围注射化学药物刺激，引起组织坏死，造成直肠周围脓肿。
③ 乙状结肠镜检查，造成腹膜穿孔感染，引起直肠后间隙脓肿。
④ 局部麻醉感染，或油溶液注入后吸收不良，而形成脓肿。
（3） 手术后因素：临床上亦可见到肛门直肠手术引起感染，而形成的直肠周围脓肿，以及尿道术后感染、会阴部术后感染、产后会阴破裂缝合后感染、尾骶骨骨髓炎术后感染等引起的脓肿。
（4） 其它：如枪、刀伤，直肠内异物损伤后感染，性病淋巴肉芽肿，放线菌病，直肠憩室炎感染，肛管直肠癌破溃或波及深部的感染，及身体虚弱，抵抗力低下，或患有慢性消耗性疾病，或营养不良，都是肛门直肠周围脓肿的发病原因。
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