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西医
需手术治疗。低位闭锁可经肛门切开，高位闭锁需经腹手术。无直肠畸形宜先行结肠造口，以后经腹会阴将直肠拉下与肛门皮肢缝合，或同时作肛门成形术。
中医
直肠闭锁用中药治疗应该以补中益气、升阳固脱、润肠通便为治疗原则。脾胃运化输布水谷之气的时侯，必须向上升发提才能由肺布散全身;同时人体的许多组织也有赖於脾胃的升举职能。当脾胃功能不张的时侯，哪么有脾胃气虚以及气虚下陷的情形发生。补中益气汤是由陈皮2克、人参4克、炙甘草4克、当归2克、柴胡1克、黄耆6克、白术克、升麻1克、大枣2克、生姜3片组成，具补气、健脾胃、升阳的功能。对直肠闭锁也有一定的治疗效果。
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