先天性属于睾丸发育不全。当患性器官幼稚、垂体功能减退等症时，两侧睾丸常常发育不全。如果胚胎发育过程中发生异常而造成睾丸下降不全或隐睾时，由于腹腔内温度高于阴囊内温度，故而患侧睾丸均发育不全。
后天性睾丸萎缩多由于创伤、睾丸疾患及感染所引起。睾丸受到闭合性外伤，可造成睾丸出血及梗死。铁钉、铁丝等锐器也可刺伤睾丸。外伤还能引起精索扭转而阻碍血液供应，并危及睾丸的存活。故睾丸损伤应及早治疗。
某些疾病，如精索静脉曲张，有时也可造成睾丸萎缩、男性精索里的静脉因某种原因所致的回流受阻，可发生蔓状盘曲扩张，称精索静脉曲张。在男性不育症中，有精索静脉曲张的，约占15％～20％。严重的精索静脉曲张不育者的睾丸一般多有萎缩现象。睾丸萎缩的原因可能是精索静脉的郁滞、阴囊温度较正常人为高、睾丸营养障碍以及毒素等原因所致。
感染也是引起睾丸萎缩的重要原因。最常见的是腮腺炎可引起病毒性睾丸炎。若在青春期以后发病，腮腺炎并发的睾丸炎可引起严重的局部炎性反应。其鞘膜腔内可有过量液体蓄积，即急性鞘膜积液。天花、水痘、麻疹、流行性感冒及其它类似感染，偶尔也可引起继发性睾丸炎。
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