精液囊肿的治疗并不困难。如果体积不大，是自己或体检时偶然发现的，平时毫无症状，则无需治疗，只要向患者进行详细地解说和教育，解除思想顾虑即可。如果精液囊肿造成并发症或成为病人焦虑的根源时，就应予以手术切除。过去采取的单纯抽液并注入硬化剂使囊肿缩小的措施并不可靠，常可复发或造成感染，给将来的手术带来困难，故现在多主张手术切除。
手术治疗
由于手术很小，病人不会有很大痛苦。一个很小的阴囊切口足以移动、分离和切除囊肿，手术效果往往很好。手术时医生将仔细把囊肿与睾丸和附睾分离开，然后完整地把它切除。手术时医生会尽量仔细小心，以免压迫和破坏睾丸的血液供应或破坏附睾与输精管的连贯性。如果囊肿是开放的或术前抽吸过，液体将呈现稀薄、白色或混浊状，在显微镜下检查进可见不活动的精子。
精液囊肿手术切除带来的并发症很轻微，也很少见，包括阴囊血肿，不育症（如果切除了附睾），如果睾丸的血液供应受到影响，可以出现睾丸萎缩。
中医治疗
本病多因肝脾肾功能失调，痰湿内阻，停积留着所致。治疗总以化痰散结为主，根据病因病机的不同而分别施以疏肝理气，化痰除湿或滋阴降火，化痰散结。
（一）辨证论治：
1. 气滞痰凝证
治法：疏肝理气，化湿消痰。
方药：柴胡疏肝散合五等散加减。方中柴胡疏肝理气；五苓散健脾燥湿，化气利水。加昆布、海藻以消痰，炮山甲、王不留行、川牛膝入肝经以通络破结。诸药合以达肝疏气调、脾健湿除、络通囊消之目的。
2. 阴虚痰阻证
治法：滋阴降火，化痰散结。
方药：大补阴丸合消瘰丸加减。取大补阴丸滋阴降火；消瘰丸化痰散结。加海藻。昆布、夏枯草、茯苓以增加化痰散结之力。诸药合用，共奏滋阴降火、化痰散结之功。
（二）药物外治
用玉枢丹，拌醋调成糊状，外敷患处，日换一次。
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