扁平疣部分人是可以自愈，但多数人多年不愈。而且可以通过搔抓而自身接种，从而越来越多。
在临床上可以看到一些“扁平疣”患者，已有数载，在两上肢和胸背部散在或密集的扁平丘疹，淡褐色，呈圆形或椭圆形。经中西医治疗后，效果不佳，最后经病理诊断，不是扁平疣，而是汗管瘤。
扁平疣好了以后肌体可以产生抗体，不会再次感染扁平疣病毒。强调一点，有人打了干扰素或其它针剂，扁平疣虽然变平了但扁平疣色素沉着还在，这时扁平疣并没有彻底好，疣体再次长出的几率很大，需要注意。
汗管瘤与扁平疣不同之处在于，扁平疣的丘疹顶部扁平，疏散分布，好发于面和手背。本病属良性肿瘤，一般不需治疗。若数目少时，可局部切除或用电解治疗。
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