尿结石的诊断不应只停留在判断结石是否存在，更应了解其并发症有无及严重程度，包括有无梗阻和感染，分肾功能如何。还应了解可能的原发病因。
1.尿石存在的诊断：大部分病人可根据其典型的肾绞痛、血尿，结合ⅹ线检查而确诊。少数病例以无痛性血尿、肾积水、尿路感染，或以一侧或全肾功能受损而就诊，这就需要有对本病的警惕性及进一步的泌尿系形态学检查而获确诊。
2.尿石并发症的诊断：不能仅根据结石的大小来判断有无梗阻，应做形态学检查。判断梗阻的程度及肾功能，可采用ivp、bus及静态或动态核素扫描或摄像。有无感染存在可依据临床表现、尿常规及尿培养等判断，必要时运用特殊的培养方法。对于长期存在的结石应注意除外鳞癌的合并存在。
3.尿石病因的诊断：应详细询问有关病因方面的病史，如生活史(居住、饮食、工作环境)、家族史(遗传性疾病、尿石家族)、既往史(甲旁亢、痛风、溃疡病、肠道手术、慢性腹泻、骨折卧床、泌尿系感染及糖尿病、高血压、休克、虚脱等)、用药史(磺胺、牛乳加小苏打、阿斯匹林、维生素c、d、激素、乙酰唑胺、钙剂、苯妥因、泻药、止痛药、利尿药等)。同时结合实验室检查及其他检查，如血清及尿液检查(血钙、磷、尿酸，24小时尿钙、磷、尿酸、草酸、胱氨酸、枸橼酸);尿培养如为尿素酶细菌(主要为各型变形杆菌、某些肺炎杆菌、绿脓杆菌、沙雷氏菌属、肠产气菌、葡萄球菌、普罗菲登斯菌及尿素支原体)感染，应考虑是否为感染性结石;特殊代谢检查(如肾小管酸中毒的氯化铵负荷试验，原发性甲旁亢的肾小管磷再吸收、钙负荷试验等);结石成分分析等进行推断。另外，阅读ⅹ线平片上结石的密度、轮廓、纹理及ct检查的薄断层片、ct值，均可粗略推测结石的成分。局部因素常可通过泌尿系统形态学检查得以发现。
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