随着生物医学资料的积累,现在很清楚的一件事就是自闭症可以细分为许多亚型.例如,许多自闭症孩子对各种脑蛋白滴定偏高.类似地,许多孩子有自免疫或过敏症家族病史,还有许多自闭症孩子自己有自免疫或过敏症的迹象或症状.
当身体的免疫系统对于感知为入侵者的反应过度时,过敏症就出现了.当一种物质促使身体的免疫系统反应,这种物质称为过敏原.当一种过敏原如灰尘或者植物花粉被吸入肺内,它很快就被免疫系统作为入侵者识别出来.然后免疫系统创造一种抗体来打击入侵者.例如,为了应对豚草属的花粉,人体就制造出免疫球蛋白e,简称ige.ige抗体附着在称为柱状细胞的组织细胞上和血液中的嗜碱细胞上.柱状细胞和嗜碱细胞（统称白血球）瞄准过敏原,通过血流游动,最后把ige运载到指定的目标.当ige接近过敏原时, ige附着在过敏原上,接着柱状细胞和嗜碱细胞释放组胺.这种化学物质使鼻子内膜肿大,形成更多的粘液.于是被感染的人出现鼻塞,打喷嚏,发炎,眼睛发痒,过敏原所在处的皮肤发痒等症状.我们服用抗组胺药物来对抗这些症状,但正是这些症状把过敏原包围并通过粘液把过敏原排出体外.
许多自闭症儿童至少首先表现出免疫失调,要么反应过度,要么反应不够.一些研究者和医生已经整理出一套理论,当一个病弱的孩子遭遇环境侵害时（例如汞接触或者接受疫苗中弱化的病毒）,孩子的免疫系统的打击对象不仅是真正的过敏原而且还包括看起来像过敏原的大脑的分子构造.
自免疫过程的一个秘密是孩子体内有针对中枢神经系统蛋白质髓磷脂保护蛋白质(mbp)的自抗体.一项对比研究把33个自闭症孩子跟18个正常孩子,20个智力迟缓孩子,12个唐氏综合症孩子做了比较,58%的自闭症孩子体内发现抗髓磷脂保护蛋白质的自抗体,其他孩子中只有9%的几率.这是一个令人振奋的发现,因为髓鞘形成是人脑发育的重要组成部分.在髓磷脂像护套一样把神经包围起来,神经必须依赖髓磷脂才能有效地传导能量的脉冲.就像电线的绝缘外层,髓磷脂的脂肪层帮助把电流围护起来,从而保持神经电信号的完整性.当电线的绝缘遭到破坏或毁坏时,电流就会中断或者短路.当免疫系统共计自身的髓磷脂时,短路就在大脑里发生了.神经的轴突就停止正常工作.
自免疫的研究结果为自闭症的其他亚型及其成因提供了理论支持.如前所述,含有乙烷汞或者活性病毒的疫苗可能早就造成孩子免疫失调,营养状况失衡,以及体质虚弱.另外,越来越多的临床数据显示一些自闭症孩子患有慢性的,临床症状不明显的感染症,而这些感染症对于孩子的不良特性具有重要的病因学价值.
